2001年，新疆财经大学获得国务院学位委员会和教育部批准，成为新疆首家和全国举办工商管理硕士(MBA)研究生教育项目的64所院校之一。近年来，累计为新疆经济发展各战线输送MBA人才1600余人，分布在金融、房地产、IT、通讯、制造、流通、政府及教育等各行各业。2009年6月，获得教育部及国务院学位委员会批准，成为全国62所EMBA招生院校之一，也是新疆唯一一所EMBA硕士学位教育机构。

  目前，MBA学院下设项目有工商管理硕士(MBA)学历及学位教育项目，高级管理人员工商管理硕士(EMBA)学位教育项目，与国内外多所大学合作举办的工商管理课程交流与互访项目及各种类型的企业管理培训项目。